Areszt Śledczy w Gdańsku jest jednostką organizacyjną Służby Więziennej podległą Dyrektorowi Okręgowemu Służby Więziennej w Gdańsku. Jednostką kieruje Dyrektor Aresztu Śledczego w Gdańsku, mający trzech zastępców. Podlegają mu funkcjonariusze i pracownicy Aresztu Śledczego w Gdańsku następujących działów:
- działu ochrony
- działu penitencjarnego
- ośrodka diagnostycznego
- działu ewidencji
- działu kwatermistrzowskiego
- działu łączności i informatyki
- działu finansowego
- działu kadr
- działu organizacyjno – prawnego
- służby zdrowia
Ponadto funkcjonariusze i pracownicy na samodzielnych stanowiskach, tj. inspektor ds. obronności oraz bezpieczeństwa i higieny pracy.
Na terenie Aresztu Śledczego w Gdańsku znajduje się również funkcjonujące całodobowo ambulatorium, a także szpital. Aktualnie na szpital składają się: oddział leczenia gruźlicy i oddział wieloprofilowy zachowawczy.
Od dnia 6 października 2010 r. w ramach nowych rozwiązań organizacyjnych w Areszcie Śledczym w Gdańsku utworzone zostały trzy odrębne oddziały penitencjarne.
I Oddziałem Penitencjarnym kieruje – Zastępca Dyrektora, ppłk Ewa Baranowska
II Oddziałem Penitencjarnym kieruje – Zastępca Dyrektora, mjr Artur Ostrowski.
III Oddziałem Penitencjarnym kieruje – Zastępca Dyrektora, ppłk Leszek Urbanowicz.